入职时公司扣留我的身份证合法吗？
当然是不合法的。根据中华人民共和国劳动合同法第九条之规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
也就是说，公司不但不能扣押证件，也不能以任何名义收取任何财物。用人单位实施该违法行为的，人社部门有权处以罚款。